环境科学与工程学院前身为原苏州城市建设环境保护学院环境保护系,2001年更名为苏州科技学院环境科学与工程系,2007年与苏州科技学院城市与环境学系(部分)合并组建环境科学与工程学院。环境工程、环境规划与管理专业于1985年首次招收本科生,其中环境规划与管理专业是国内率先开设的本科专业。1998年给水排水专业并入环境保护系。2007年组建环境科学与工程学院后,并新办建筑环境与能源应用工程本科专业。迄今为止,为国家培养各级各类专业人才7000余人。
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